Valgfagene ligger i 3.g, og skolen udbyder 3 niveauer.

Egaa Gymnasium udbyder nedenstående valgfag:

Fag på A-niveau:
Biologi, Fysik, Engelsk, Fransk fortsætter, Kemi, Matematik, Samfundsfag, Tysk fortsætter.

Fag på B-niveau:
Billedkunst, Biologi, Dramatik, Fransk fortsætter, Fysik, Idræt, Kemi, Matematik, Mediefag, Musik, Naturgeografi, Religion, Samfundsfag, Tysk fortsætter.

Fag på C-niveau:
Astronomi, Billedkunst, Dramatik, Erhvervsøkonomi, Filosofi, Fransk fortsætter, Informationsteknologi (it-fag), Innovation, Kemi, Kinesisk områdestudium, Mediefag, Musik, Latin, Psykologi, Tysk fortsætter.